През 1994 близо един милион души са избити в Руанда. Това е един от най-големите случаи на геноцид в по-ново време. Иронията е, че Теодор Синдикубвабо има малка вина за неговото начало. Зверствата са дело на група крайни военни и политици. На 6-ти април 1994 самолетът на предишният президент е свален. Архитектите на последвалия геноцид посочват бившият педиатър Синдикубвабо за нов държавен глава. Той е марионетка, не се опитва да спре кървавата разправа с народността тутси. Нещо повече, дори благодари на бойците, които извършват геноцид.
Синдикубвабо бяга в Заир след като силите на настоящият президент на Руанда Пол Кагаме навлизат в страната. Умира в изгнание през 1998.